Kirchlich war Gaißau lange Zeit Teil der Pfarre St.Johann in Höchst, die ihrerseits bis 1806 zum Dekanat Rorschach gehörte. Von einer Kapelle in Gaißau wird erstmals 1621 berichtet. Allerdings durften dort keine Taufen und Eheschließungen vorgenommen werden. Erst 1640 durfte in Gaißau ein Kirchhof angelegt werden, um die Toten im eigenen Dorf begraben zu können. Die endgültige Lösung von der Pfarre Höchst erfolgte im Jahr 1807, 1811 wurde Gaißau erstmals als eigene Pfarrei von den bayrischen Behörden ausgeschrieben. 1870/73 wurde schließlich die heutige Pfarrkirche St.Othmar errichtet.